La gestión del Hospital está realizada en base a una serie de instrumentos que lo guían y aseguran el buen funcionamiento del mismo.

• El Contrato Programa marca las líneas y objetivos a seguir para garantizar la eficiencia y la eficacia en la gestión. A través del mismo se establece la dinámica de relaciones del Servicio Andaluz de Salud (SAS) con sus centros. Este documento, que está firmado con la Dirección Gerencia del SAS, contempla los objetivos, actividades, metodología y recursos con los que cuenta el Hospital para llevar a cabo sus fines, que no son otros que la Promoción de la Salud y la Asistencia Sanitaria.
• El Acuerdo de Gestión Clínica (AGC) es un documento subscrito por la Dirección de cada Unidad de Gestión y la Dirección Gerencia del Hospital. Las unidades de gestión clínica constituyen un modelo organizativo que permite incorporar a los profesionales en la gestión de los recursos utilizados en su propia práctica clínica.
• En el AGC se determinan los recursos directamente asignados a cada unidad de gestión y sus objetivos, tanto asistenciales como formativos, docentes, de I+D+i, presupuestarios y de cualquier otra índole que esté en relación con el Contrato Programa del centro y como herramienta para la descentralización del mismo.

• Tanto el Contrato Programa de los centros como los Acuerdos de Gestión de las unidades de gestión clínica, se basan en un conjunto de valores y están dirigidos a asegurar a la ciudadanía una atención sanitaria integral y de calidad.
• La Gestión por Procesos es un sistema de gestión enfocado a perseguir la mejora continua para conseguir una gestión óptima de los recursos y una prestación de servicios sanitarios eficiente, equitativa y sostenible orientada al ciudadano, teniendo en cuenta la gran variabilidad y complejidad, tanto de los procesos asistenciales como de los no asistenciales.
• Para el seguimiento y evaluación de los objetivos e indicadores de Contrato Programa y de los Acuerdos de Gestión Clínica, los Hospitales cuentan con la herramienta denominada SIREO (Sistema de Información, Registro y Evaluación de Objetivos).
• El Cuadro de Mando es una herramienta de apoyo a la gestión que permite medir el grado de cumplimiento de los objetivos del Centro mediante los distintos indicadores establecidos para su medición.  A través de los diferentes informes, con periodicidad mensual, se muestran los resultados obtenidos en los distintos ámbitos, tanto asistenciales como económicos y de gestión.
• El sistema de contabilidad analítica, CoanHyD, además de facilitar el seguimiento presupuestario mensual a los responsables de las unidades, permite detectar potenciales áreas de mejora en la eficiencia.
• Mediante la herramienta de Seguimiento Presupuestario, se facilita el seguimiento mensual del asignado a cada unidad de gestión clínica así como el resumen de las cantidades y precios unitarios de los productos consumidos, facilitando el control por parte de los responsables de las unidades.

Estas herramientas básicas, junto con otros informes y auditorías realizados desde la Unidad de Calidad y desde otras áreas, facilitan la evaluación periódica y transparente de los citados objetivos.