En virtud del Acuerdo del Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía de 26 de enero de 1993, el Hospital Universitario Virgen Macarena del Servicio Andaluz de Salud (SAS) está sometidos al control financiero permanente previsto en las Instrucción 8/2003 (modificada por las Instrucciones 8/2004, 9/2012 y 1/2014) de la Intervención General de la Junta de Andalucía, que regula el ejercicio de los sistemas de control previstos en el artículo 94 del Texto Refundido de la Ley General de la Hacienda Pública de la Junta de Andalucía, así como los centros del SAS en los que se implantan. Entre dichos sistemas figura la realización de un control de cumplimiento de la legalidad en los procedimientos de gestión, actos y operaciones de contenido económico.

Por la correspondiente Intervención del SAS, se efectúa un control permanente de cumplimiento de la legalidad, de acuerdo con el programa de trabajo y alcance de las comprobaciones aprobado por la Intervención General de la Junta de Andalucía para el año 2016, emitiéndose los correspondientes informes.

Desde el punto de vista contable y presupuestario, es de aplicación al hospital el Sistema de Gestión Integral de Recursos Organizativos de la Administración de Junta de Andalucía y sus entidades instrumentales GIRO, implantado por Orden de 17 de diciembre de 2014, de la Consejería de Economía y Administración Pública.